اصطلاح "تصفیه" در زبان چینی سابقه طولانی دارد و در اصل به معنای "پاکسازی و پاکسازی" است و می تواند به طور گسترده به تمام فرآیندها و فناوری های حذف ناخالصی ها و از بین بردن آلودگی اشاره کند. اصطلاحات انگلیسی متناظر عبارتند از «purification» (با تأکید بر پاکی) و «clean» (با تأکید بر پاکیزگی). بنابراین، عبارت انگلیسی برای مهندسی اتاق تمیز شامل «مهندسی تصفیه»، «مهندسی تمیز» یا «تکنولوژی اتاق تمیز» در میان دیگران است. این معنای گسترده مشخص میکند که مهندسی اتاق تمیز در رشتههای مختلف مفاهیم متمایزی دارد.
مهندسی اتاق تمیز مدرن، با فناوری اتاق تمیز در هسته خود، در دهه 1950 سرچشمه گرفت. در طول جنگ کره، ارتش ایالات متحده کشف کرد که بسیاری از ابزارهای الکترونیکی اغلب به دلیل نفوذ گرد و غبار دچار اختلال می شوند، که باعث توسعه فناوری تصفیه هوا، به ویژه تحقیق و استفاده از فیلترهای ذرات هوای با کارایی بالا (HEPA) شد. در سال 1961، ویلیس ویتفیلد از آزمایشگاههای ملی ساندیا طرح سازماندهی جریان هوای پاک را «جریان آرام» (که اکنون رسماً «جریان یکطرفه» نامیده میشود) پیشنهاد کرد که اتاقهای تمیز را قادر میسازد تا به سطوح بیسابقهای از تمیزی دست یابند. در همان سال، نیروی هوایی ایالات متحده اولین استاندارد اتاق تمیز در جهان را منتشر کرد و در سال 1963، استاندارد فدرال ایالات متحده FED{11}}STD-209 منتشر شد که نشان دهنده شکل گیری اولیه سیستم فناوری اتاق تمیز بود. متعاقبا، با توسعه سریع صنایعی مانند مدارهای مجتمع و زیست پزشکی، فناوری مهندسی اتاق تمیز به طور مداوم نوآوری و تکامل یافته است.
در چین، "کد طراحی اتاق تمیز" (GBJ 73-84) در سال 1984 و "کد پذیرش و ساخت اتاق تمیز" (JGJ 71-90) در سال 1990 اعلام شد. در سطح بین المللی، سری استانداردهای ISO 14644 که توسط کمیته فنی ISO/TC209 گردآوری شده است، دستورالعمل های رایج برای اتاق های تمیز و محیط های کنترل شده مرتبط هستند. کشور من این استانداردها را پذیرفته و به عنوان سری GB/T 25915 پیاده سازی کرده است.